Studiuman der Musikhochschule Detmold, Stipendiatin des Richard-Wagner-Verbands Bayreuth, Schülerin von Barbara Schlick. Künstlerische Fortbildung bei Jessica Cash (London), Birgit Bastian (Kopenhagen), HelmutKretschmar (Detmold)und Norman Shetler (Wien)Zu ihrem Repertoire gehören neben den großen Bach-, Haydn- und Mozartpar­tien insbesondere der „Elias“ von Mendelssohn und die Requien von Brahms, Dvorák, Verdi und A.L.Webber. Zusammenarbeit mit Enoch zu Guttenberg, Michael Schneider, Ton Koopmann Ludwig Güttler und Ingo Metzmacher.
Auftritte bei den Musikfestivals in Schleswig-Holstein, Ludwigsburg, Utrecht, Innsbruck, La Chaise Dieux, Breslau, Helsinki, Toulouse, in der Bretagne und am Bodensee, in der Kölner und Münchner Philharmonie, in der Dresdner Kreuzkirche, im Prager Rudolphinum und im Moskauer Tschaikowsky-Konservatorium. Japantournée mit Peter Schreier und dem Dresdner Kreuzchor.Zahreiche Rundfunk-, Fernseh- und CD-Aufnahmen, Liederabend-Tournée in den USA, drei Lieder-CDs, Liedproduktionen mit dem WDR und dem SWR. Audio-DVD/CD „Ave Maria“ für Sopran, Trompete und Orgel.

Markus Goecke studierte Orgel bei Prof. Clemens Ganz, Prof. Andreas Rothkopf, Mme. Marie-Claire Alain und Prof. Hans-Dieter Möller, in dessen Klasse er 1991 das Konzertexamen ablegte. Cembalostudien absolvierte er bei Mme. Huguette Dreyfus und Kenneth Gilbert. Er fand weitere Anregungen durch die Teilnahme an internationalen Meisterkursen unter anderen bei G. Bovet, L.-F. Tagliavini, G. Litaize, M. Radulescu, T. Koopman.

Preise und Auszeichnungen erhielt er 1987 am Conservatoire National de Région de Rueil-Malmaison in den Fächern Orgel und Cembalo sowie 1989 beim Concours Suisse de l\'Orgue.

Im Bereich der Alten Musik hat Markus Goecke sich durch Quellenstudien und intensive Auseinandersetzung mit den Möglichkeiten der praktischen Umsetzung einen Namen gemacht. Er wurde in den Jahren 1995-2003 eingeladen, an der König-Orgel in der Schlosskirche in Schleiden Interpretationskurse zu diesem Themenbereich zu leiten.

Markus Goecke pflegt ein stilistisch vielfältiges Repertoire von frühester Orgelmusik bis zur Musik der Gegenwart. Sein mitreißendes Spiel und seine außergewöhnlichen Programme geben immer wieder Anlass zu Einladungen zu internationalen Festivals und Konzertreihen. So trat er unter anderem 1988, 1989, 1994 und 1996 beim Festival Suisse de l\'Orgue, 1989 bei den Concerti d\' ottobre Firenze, 1993 und 1995 bei den Internationalen Orgelkonzerten Bonn-Beuel, 2001 beim Orgelpunkt Memmingen, 2002 im Rahmen des Schwarzrheindorfer Orgelherbstes und 2003 beim Orgelfestival Limburg auf. Rundfunkaufnahmen entstanden für France musique und Radio Suisse Romande.

Seit 1988 wirkt Markus Goecke als Kirchenmusiker an St. Martin in Euskirchen.